Mỗi năm (năm 2013 về trước), học sinh thi 6 môn trong chương trình học, trong đó có 3 môn cố định là toán, văn, ngoại ngữ và 3 môn thay đổi theo từng năm (chọn từ các môn vật lý, hóa học, sinh học, địa lý và lịch sử).

Sau đây là danh sách các môn thi theo từng năm ngoài 3 môn Toán, Văn và Ngoại ngữ kể từ năm 2001. Môn thi thay thế là môn dùng để thay cho môn Ngoại ngữ đối với thí sinh học hệ Bổ túc, hoặc đối với thí sinh không theo học hết chương trình trung học phổ thông hiện hành hoặc có khó khăn về điều kiện dạy-học.

Năm 2014, học sinh có 2 môn bắt buộc (Ngữ Văn, Toán) và 2 môn tự chọn trong 6 môn còn lại (Hóa Học, Vật Lý, Địa Lý. Lịch sử, Sinh Học, Ngoại ngữ). Tỉ lệ thí sinh đỗ tốt nghiệp trên cả nước đạt 99.02% ở hệ giáo dục THPT, 89.01% hệ giáo dục thường xuyên, bình quân chung là 99,09%.[18]

Năm 2015, thí sinh phải thi 4 môn, gồm 3 môn thi bắt buộc (Toán, Ngữ văn, Ngoại ngữ) và một môn tự chọn trong các môn thi còn lại (Lịch sử, Địa lý, Vật lý, Hóa học, Sinh học) để xét tốt nghiệp trung học phổ thông. Để xét tuyển vào đại học và cao đẳng, ngoài 4 môn nói trên, thí sinh phải dự thi thêm các môn phù hợp với tổ hợp các môn thi được quy định.[2]